J'avais initialement exposé mon problème dans la partie technique, j'ai pu entre temps me débrouiller alors je vous fais part ici de mon expérience, ça peut servir.
J'ai eu un problème sur une carte SD Kingston 4Go neuve, photos perdues, erreur sur la carte ou dans le système de fichier.
Après avoir testé divers logiciels de récupération en vain, recuva, pc inspector file recovery, easyrecovery, etc... ils ne me trouvaient rien, et parfois après un temps assez long (30mn pour l'un...).
J'ai pu au final tout récupérer, sans corruption, en 4mn chrono grâce à ce logiciel, gratuit :
http://www.cgsecurity.org/wiki/TestDisk_Download
Ensuite j'ai formaté la carte par l'appareil, par windows, essayé de corriger les erreurs avec windows et d'autres logiciels spécifiques, j'avais toujours des problèmes avec...
Au final, j'ai utilisé ce logiciel pour la formater, depuis elle fonctionne sans le moindre problème :
http://panasonic.jp/support/global/cs/sd/download/index.html
Panasonic SD Formatter 2.0, il y a une version béta 3.0 mais je ne l'ai pas essayé.
A voir sur le long terme si ce n'est pas un réel problème physique de la carte, mais je vous conseille fortement ces deux logiciels, car ce sont vraiment les seuls qui ont eu un réel effet.